104 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Dit onderzoek presenteert een reproduceerbaar, dubbel-modelraamwerk dat aantoont hoe de fermentatie van stachyose uit Chinese artisjokken via korte-keten vetzuren de hepatische ATP-productie dosisafhankelijk verhoogt, waarbij model-specifieke lacunes in propionaatcatabolisme worden geïdentificeerd en gekwantificeerd.
Dit onderzoek presenteert een wiskundig model dat aantoont dat het richten op kanker-geassocieerde fibroblasten de effectiviteit van hormoontherapieën bij ER+ borstkanker kan verbeteren door de interacties tussen tumorcellen en het micro-omgeving te optimaliseren.
Dit overzicht introduceert een geïntegreerd systeemkader met een 'Programmability & Persistence Score' (PPS) om verschillende mammalier celtypen te kwantificeren en te vergelijken op basis van levensduur, transplantatie-persistentie en stressbestendigheid, waardoor de selectie van optimale cellen voor therapeutische en biotechnologische toepassingen wordt ondersteund.
Deze studie presenteert een cohort-gebaseerde benchmark van MRI-gebaseerde elektromechanische hartmodellen bij vijf gezonde personen, waarin wordt aangetoond dat hemodynamische belastingparameters, en niet individuele anatomische verschillen, de belangrijkste bepalende factoren zijn voor de globale hartfunctie.
Deze studie introduceert een bottleneck-gevoelig raamwerk voor glykaanbereikbaarheidsanalyse dat, in tegenstelling tot traditionele binaire drempelmethoden, kwantitatieve transcriptoomdata gebruikt om de weefsel-specifieke biosynthetische potentie van glykanen nauwkeuriger te voorspellen.
Dit paper introduceert MINGL, een probabilistisch framework dat bestaande buurtannotaties omzet in continue maatstaven voor weefselarchitectuur door natuurlijke gradiënten, heterogeniteit en grenzen in multicellulaire weefsels te kwantificeren in plaats van ze te negeren.
Dit artikel introduceert VIOLIN, een modulier en configureerbaar Python-framework dat automatisch gegenereerde moleculaire interacties uit wetenschappelijke literatuur op een schaalbare manier reconcileert met bestaande kennisgrafen door ze te classificeren als bevestiging, contradictie, gemarkeerd geval of uitbreiding.
Dit onderzoek toont aan dat de lever van muizen, zowel tijdens vasten als bij obesitas, thermodynamische robuustheid behoudt door grote schommelingen in metabolietconcentraties te bufferen, wat een efficiënte overstap tussen glycolyse en gluconeogenese mogelijk maakt.
Deze paper introduceert NeighborFinder, een R-pakket dat een computerefficiënte en biologisch intuïtieve methode biedt om lokale microbiele netwerken rondom specifieke soorten van belang te infereeren, in plaats van computerverzwarende globale netwerken te reconstrueren.
Deze studie presenteert een grafgebaseerde machine-learningbenadering die de effecten van genperturbaties op moleculaire fenotypes voorspelt, waardoor kostbare experimenten kunnen worden geminimaliseerd en nieuwe biologische inzichten kunnen worden verkregen.