📄 Category

systems biology

135 papers

Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.

Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.

📄 systems biology

Uncertainty-aware graph representation learning with positive-unlabeled classification for biomarker discovery in peripheral artery disease

Dit artikel presenteert een onzekerheidsbewust raamwerk voor het leren van grafische representaties dat positief-onbepaalde classificatie en ensemble-methoden integreert om nieuwe en goed gekalibreerde biomerkers voor perifeer arterieel vaatlijden te prioriteren, waarbij het superieure voorspellende prestaties en biologische relevantie toont in vergelijking met bestaande basismethoden.

Ayyalasomayajula, V. S. R. K., Senders, M. L., Wolterink, J. M., Yeung, K. K.2026-05-13
📄 systems biology

Computer experimentation on E. coli ammonium transport and assimilation reveals mechanisms for energy coupling, balanced futile cycling, and robust growth

Door middel van computergestuurde experimenten die zes kinetische modellen vergelijken, identificeert deze studie een elektro-bindingsmechanisme voor ammoniumtransport in E. coli dat energie-koppeling verklaart en onthult hoe gecoördineerde regulatie van de AmtB-transporteur en glutaminesynthetase futile cycling minimaliseert om robuuste groei onder variërende omgevingscondities te waarborgen.

Maeda, K., Kurata, H., Javelle, A., Westerhoff, H. V., Boogerd, F. C.2026-05-13
📄 systems biology

TRAFIKK: systematic prediction and mechanistic interpretation of anticancer drug synergies

Het artikel introduceert Trafikk, een op moleculaire signaalnetwerken gebaseerd raamwerk dat een hoge voorspellende nauwkeurigheid bereikt voor synergieën van anticarcinogene geneesmiddelen en tegelijkertijd mechanistische inzichten biedt in hoe deze synergetische effecten ontstaan in diverse cellulaire contexten.

Farinas, M., Bermudez, V., Tsirvouli, E., Zobolas, J., Aittokallio, T., Lehti, K., Flobak, A., Lippestad, K.2026-05-12
📄 systems biology

Cross-tissue multiomics reveals that Akkermansia muciniphila counteracts metabolic syndrome by reprograming gut microbiota, oleoylethanolamide and the gut-hypothalamus axis

Deze studie toont aan dat *Akkermansia muciniphila* fructose-geïnduceerd metabool syndroom verlicht door de darmmicrobiota en het metaboloom te herprogrammeren om de niveaus van oleoylethanolamide te verhogen, wat vervolgens de darm-hypothalamus-as activeert om de metabole gezondheid te verbeteren.

Ha, S. M., Ahn, I.-S., Kowal-safron, T., Yoon, J., Olson, C. A., Diamante, G., Cely, I., Zhang, G., Wang, S., Garcia, K. (…)2026-05-11
📄 systems biology

Simulation-conditioned generative modeling for biologically realistic pattern prediction

Dit artikel introduceert een op simulatie-geconditioneerd generatief raamwerk dat grofkorrelige mechanistische modellen combineert met fundamentele beeldmodellen om biologisch realistische synthetische patronen te produceren, waardoor de inferentie van initiële experimentele condities uit echte biologische data mogelijk wordt waar experimentele steekproeven schaars zijn.

Sahu, K., Davis, H. M., Lu, J., Villalobos, C. A., Heyman, A., Simsek, E., You, L.2026-05-11
📄 systems biology

Pan-cancer proteogenomic interrogation of the Ubiquitin Proteasome System

Door geharmoniseerde proteogenomische data uit 11 CPTAC-cohorten te integreren, onthult deze studie hoe somatische mutaties, met name TP53-verlies, en lijn-specifieke factoren leiden tot een onderscheidende, context-afhankelijke herschakeling van het ubiquitine-proteasomesysteem, waarmee nieuwe mechanistische kaders en therapeutische kwetsbaarheden voor gepreciseerde degradertherapie worden gedefinieerd.

Gonzalez Robles, T. J., Khan, M., Sastourne-Haletou, P., Triola, M., Zhou, H., Kito, Y., Kaisari, S., Fenyo, D., Rona, G (…)2026-05-10
📄 systems biology

Inter- and Intra-individual Variability in Oral Food Processing and Its Impact on Aroma Release

Deze studie maakt gebruik van real-time PTR-MS-monitoring in combinatie met tracking van respiratie en gedrag om te kwantificeren hoe inter- en intrapersonelijke verschillen in mondbewerking en slikken de kinetiek van aroma-vrijgave uit voedsel aanzienlijk beïnvloeden.

Andriot, I., Grossiord, D., Beno, N., Chabin, T., Laboure, H., Lucchi, G., Martin, C., Mourabit, O., Piornos, J. A., Sai (…)2026-05-08
📄 systems biology

Mathematical Modeling of the Canonical Aryl Hydrocarbon Receptor Pathway

Deze studie ontwikkelt en kalibreert een mechanistisch model van gewone differentiaalvergelijkingen voor de canonieke arylkoolwaterstofreceptorroute met behulp van tijdsgescheiden genexpressiedata van diverse liganden, waarbij wordt aangetoond dat ligandspecifieke transcriptieresponsen voornamelijk worden gecodeerd op het niveau van transcriptieregulatie en niet op het niveau van upstream-signaalevenementen.

Wieland, V., Blum, T., Iriady, I., Reverte-Salisa, L., Pathirana, D., Foerster, I., Weighardt, H., Hasenauer, J.2026-05-08
📄 systems biology

Ensemble kinetic modelling links residual enzyme activity to clinical symptoms in mitochondrial β-oxidation defects

Deze studie adresseert de uitdaging van onzekerheid in kinetische parameters bij de modellering van mitochondriale vetzuuroxidatie (mFAO) door een ensemble van 51 gevalideerde computationele modellen te construeren, die succesvol residuële enzymactiviteit koppelen aan klinische symptomen en onderscheidende pathofysiologische mechanismen tussen tekorten in de langketen- en de kort/middenketen-mFAO onthullen.

Odendaal, C., Krebs, O., Bakker, B. M.2026-05-08
📄 systems biology

Accessible Gibbs energy at metabolic activation limits long-term cell growth

Dit onderzoek toont aan dat de Gibbs-energie die tijdens metabole activering beschikbaar is, werkt als een thermodynamische beperking die de langetermijncelgroei beperkt door cellen vast te houden in groeiverminderde toestanden, een mechanisme dat experimenteel is bevestigd door aan te tonen dat de omvang van geconserveerde metabolietpools de steady-state ATP-productiesnelheden bepaalt.

Barreto, Y. B., Jongman, E. P. H., Patino-Ruiz, M. F., Grundel, D. A. J., Uysal, M., Coenradij, J., Poolman, B., Heinema (…)2026-05-05