139 papers
De auteurs hebben een kostenefficiënt, hoogdoorvoerd in-vitroplatform ontwikkeld dat gebruikmaakt van omics-technologie om op menselijke immuuncellen gerichte senomodulatoren te screenen, waardoor de ontwikkeling van gepersonaliseerde behandelingen tegen immuunveroudering sneller naar de kliniek kan worden vertaald.
Dit onderzoek toont aan dat neuregulin-1 de grootte en vorm van cardiomyocyten via distincte PI3K- en p38-signaleringspaden reguleert, wat nieuwe inzichten biedt voor het selectief bestrijden van maladaptieve hartremodellering.
Dit onderzoek toont aan dat het combineren van postmortale metabolomics met machine learning op basis van Zweedse forensische data een nauwkeurige methode biedt om ketoacidose te detecteren en te subtyperen in forensische casuïstiek.
Deze studie presenteert een interpreteerbaar, netwerkbased raamwerk dat co-expressie-analyse combineert met meerdere centraliteitsmaten om op basis van transcriptomische data prioriterende kandidaat-genen voor de ziekte van Alzheimer te identificeren.
GRNFormer is een generaliseerbaar framework op basis van graftransformers dat nauwkeurige en schaalbare afleiding van genregulatienetwerken mogelijk maakt uit transcriptomics-data van verschillende soorten en platforms zonder voorafgaande annotaties.
Deze studie toont aan dat het integreren van mRNA- en proteïnegegevens via lineaire machine learning-modellen een genuanceerd inzicht biedt in hun coördinatie bij kankermetastase, waarbij beide modaliteiten zowel complementaire als versterkende informatie leveren die de voorspellende nauwkeurigheid verbetert.
OrthoGather is een lokaal gehoste webapplicatie die onderzoekers zonder computationele expertise in staat stelt om orthologie-gebaseerde proteoom- en proteomiekvergelijkingen en Gen-ontologie-verrijkingen uit te voeren, waardoor functionele inferentie mogelijk wordt zelfs voor slecht geannoteerde soorten.
Dit onderzoek van het MoTrPAC-consortium identificeert duizenden acute moleculaire veranderingen in bloed (transcripten, eiwitten en metabolieten) als reactie op uithoudings- en krachttraining, waardoor nieuwe inzichten worden verkregen in de systemische gezondheidseffecten van beweging.
Deze studie gebruikt een mechanistisch ODE-model en geavanceerde computertools om de apoptose-signaalroutes in prostaatkanker te analyseren en strategieën te identificeren om intrinsieke medicijnresistentie te overwinnen via drie specifieke pro-apoptotische geneesmiddelen.
Deze studie toont aan dat de sterkte van de bindingsplaats in de promotor de genexpressie het sterkst beïnvloedt, gevolgd door de lokalisatie en concentratie van transcriptiefactoren, terwijl variaties in affiniteit voornamelijk worden gebufferd, wat inzicht geeft in de onderlinge afwegingen tussen deze trans-regulerende factoren.
De studie toont aan dat de thymische selectie van T-celreceptoren bij vrouwen een onbalans vertoont met een hogere prevalentie van autoreactieve receptoren en een verminderde selectie van regulatorische T-cellen, wat een mechanistische verklaring biedt voor de grotere gevoeligheid van vrouwen voor autoimmuunziekten.
Dit onderzoek onthult dat de fase-ruimteafstand tussen stationaire toestanden en de bifurcatiestructuur, in plaats van potentiediepte, de overgangskansen en tijdschalen in niet-conservatieve genregulatienetwerken van borstkanker bepalen, wat de dynamische robustheid van HER2+ en de hoge variabiliteit van TNBC verklaart.
Dit artikel introduceert TRACER, een methode die de biologische coherentie van cellulaire profielen in beeldgebaseerde ruimtelijke transcriptomics verbetert door gen-gene coherentie en ruimtelijke co-localisatie te benutten om gemengde profielen op te lossen en onvolledige cellen te reconstrueren, zonder afhankelijk te zijn van externe annotaties.
Deze studie van het MoTrPAC-consortium beschrijft met behulp van multi-omics de tijdsgebonden moleculaire veranderingen in onderhuids buikvet na een enkele inspanning bij sedentaire volwassenen, waarbij zowel duur- als krachttraining unieke programma's activeren die bijdragen aan metabole gezondheid.
Dit paper introduceert MAPLE, een raamwerk dat gestructureerde validatieschema's gebruikt om de samenwerking tussen grote taalmodellen en modelbouwers te sturen bij het kalibreren van kwantitatieve systemfarmacologie-modellen, waardoor hallucinaties worden tegengegaan en reproduceerbare, goed gedocumenteerde data-extractie wordt gewaarborgd.
Deze studie introduceert een netwerkgebaseerde methode om metaalbindingsplaatsen in eiwitten te vergelijken via atomaire puntwolken, waardoor recurrente geometrische patronen worden onthuld die evolutionaire relaties en onbekende drugseffecten onafhankelijk van de eiwitsequentie kunnen voorspellen.
Dit onderzoek combineerde netwerkfarmacologie met experimentele validatie om TUDCA en arundine te identificeren als veelbelovende hergebruikskandidaten voor de behandeling van de ziekte van Alzheimer, die ziekte-relevante moleculaire fenotypes herstellen door in te werken op G-eiwitsignalering.
Deze studie toont aan dat korte-termijn supplementatie met fructose of Momordica charantia bij kippen met longhypertensie de aandoening vermindert, waarbij fructose het meest effectief was, en bevestigt de bruikbaarheid van dynamische modellen voor het evalueren van voedingstrategieën.
Deze studie toont aan dat de schijnbare afwezigheid van hogere-orde interacties in microbiële gemeenschappen niet het gevolg is van biologische eenvoud, maar van fundamentele statistische en structurele beperkingen die de detectie van dergelijke interacties boven de tweede orde onmogelijk maken.
Dit artikel introduceert de Toroidal Search Algorithm (TSA), een nieuwe metaheuristische optimalisatiemethode die geïnspireerd is op de topologie van een torus om grensproblemen op te lossen en die bewezen superieure prestaties levert bij het bepalen van parameters in complexe modellen voor mathematische oncologie.